خدمات طراحی پرایمر

پرایمرها به توالی های DNA یا RNA تک رشته ای کوتاه اطلاق می شود که مکمل توالی های DNA هدف هستند، که مسئول شروع فرآیند همانندسازی DNA هستند. به طور معمول، پرایمرهای RNA منحصراً برای همانندسازی DNA سلولی کاربرد درند. در عوض، پرایمرهای DNA  نقش اساسی در تکثیر DNA PCR در شرایط آزمایشگاهی دارند، زیرا به راحتی توسط آنزیم DNA Primase تهیه می شوند. تاکنون، پرایمرهای مختلف DNA برای برآوردن نیازهای مربوطه طراحی و بهبود یافته است.

راهنمای ساده طراحی پرایمر

پرایمر به عنوان یکی از مهم‌ترین اجزای سنجش PCR برای ویژگی، حساسیت و استحکام آن‌ها اهمیت دارد و تعداد کمی از گزارش ها تاکید کرده اند که برخی از پارامترها وجود دارد که باید در هنگام پردازش طراحی پرایمر در نظر گرفته شوند.

طول (Length)

در اکثر کاربردهای PCR، طول 18-30 پایه می تواند بهینه باشد. پرایمرهای بلندتر یا کوتاهتر ممکن است به ترتیب باعث تکثیر غیر اختصاصی PCR یا حاوی برخی ساختارهای ثانویه نامطلوب شوند.

دمای ذوب (melting temperature)

دمای ذوب (Tm) یک پرایمر معمولاً به طول، ترکیب توالی ( G/C می‌تواند منجر به Tm بالاتر از A/T شود)، و غلظت، که محدوده بهینه آن 55 تا 60 درجه سانتی‌گراد است، بستگی دارد. شایان ذکر است، Tm جفت پرایمر باید تا حد امکان مشابه باشد و عدم تطابق Tm آنها باید کمتر از 2 تا 3 درجه سانتیگراد باشد.

GC clamp

به منظور افزایش کارایی پرایمینگ، “گیره “GC را می توان با قرار دادن یک residue G یا C در انتهای ‘3 به دنباله های پرایمر وارد کرد. همانطور که همه ما می دانیم، GC به جای TA را می توان با پیوند هیدروژنی قوی تر متصل کرد.

GC content

تعادل توزیع GC و TA یکی دیگر از نیازهای طراحی پرایمر است. و محتوای GC پرایمرها به طور کلی 40-60٪، ترجیحاً 45-55٪ است. اگر DNA هدف یک توالی غنی از GC باشد، Tm بالاتری از پرایمر مورد نیاز خواهد بود زیرا دمای جداسازی دو رشته همیشه بالاتر است و آمپلیکون های PCR آنها ممکن است در دمای پایین سریعتر re-anneal شوند.

ساختار ثانویه

به طور قابل توجهی، هومولوگ­های درون یا بین پرایمر و همچنین تکرار بیش از حد پایه های G یا C در توالی پرایمر می تواند منجر به ساختارهای  پرایمر-دایمر شود. یکی از راه های ساده طراحی پرایمرهای حاوی 50درصد  G+C در غیاب یکی از چهار باز است.

خدمات طراحی پرایمر iCellGene :

 پرایمرهای مناسب برای کاربردهای مختلف، مانند پرایمر Multiplex PCR، Nested PCR، طراحی پرایمر انتخابی cDNA/gDNA و طراحی پرایمر متقابل گونه (cross-species primer) و غیره.

طراحی پرایمر با انواع نرم افزارهای بیولوژیکی مولکولی، از جمله Oligo 6، Premier Premier، Primer 3، Vector NTI Suit، Dnasis، Omiga، Dnastar و غیره .